（1）学术委员会与章程

中心自成立之日起就成立了“学术委员会”，制订了《口岸物流管理与航运经济研究中心学术委员会章程》。学术委员会（以下简称中心学术委员会）是中心的学术指导机构。主要负责审议中心的学术研究方向及中长期研究发展规划，参与重大项目和其他开放研究课题的评审并提出资助建议，参与重大成果的评审鉴定工作，对重大课题经费的合理使用提出建议并监督，协调举办重大学术活动。

（2）日常管理体制

根据《重庆市人文社会科学重点研究基地建设的意见》，中心的日常管理按照中心制定的《口岸物流管理与航运经济研究中心管理办法(试行)》执行，实行主任负责制，并接受依托单位重庆交通大学经济与管理学院领导和监督。制定中心科学研究、人才培养、学术交流、咨询服务以及体制改革等建设标准，规范管理职责，建立工作制度等。中心制定了《口岸物流管理与航运经济研究中心开放式基金管理办法》，为吸引国内外优秀科研工作者与本中心开展交流与合作，促进科研成果的产业化，办法制定了中心开放式基金的项目申请、项目管理与经费管理等细则。中心还制定了《口岸物流管理与航运经济研究中心科研管理办法》、《口岸物流管理与航运经济研究中心科研资助奖励办法》，确立中心实行“机构开放、人员流动、内外联合、竞争创新、研教融合”的运行机制，鼓励开展与本研究中心研究方向相关的高水平研究，制定了中心日常科研管理细则和科研成果奖励细则。