重庆坐拥长江黄金水道，航运资源丰富，潜力巨大，航运确立了重庆在西部的比较优势，建立由水运口岸、航空口岸、铁路口岸所构成的立体口岸体系，助力重庆打造内陆开放高地。综合考虑航运与口岸物流发展需要，中心成立时设置了相关的3个研究方向：航运物流与产业协同发展研究、口岸物流与外向型经济发展研究、保税物流与保税区发展研究。

对接《国家综合立体交通网规划》《成渝地区双城经济圈综合交通运输发展规划》《重庆市综合立体交通网规划纲要（2021-2035）》以及市委市政府交通交通强市战略部署，瞄准重庆上游航运中心建设、国际贸易通道及口岸扩大开放、城市现代物流以及产业链供应链发展的需要，中心结合现有优势与基础，对原有方向进行整合拓展，提炼形成3个新的特色研究方向：

（1）智慧口岸规划与国际通道战略研究。围绕成渝双城经济圈打造全国交通“极”，开展国际通道构建的理论、规划以及评价等研究，瞄准国际通道口岸规划论证，开展智慧口岸建设研究，促进口岸通道衔接与一体化发展。

（2）绿色港口航运与产业链供应链研究。围绕长江上游航运中心建设开展绿色港口绿色航运战略问题研究，围绕港口航运相关产业发展需求，开展产业链供应链现代化水平提升问题研究，促进港城经济互动发展。

（3）城市现代物流与区域协同发展研究。围绕大城市超大城市物流物流瓶颈，开展城市现代物流网络优化问题研究，促进城市物流降本增效，解决因大城市城乡物流短板而制约区域协同发展问题。

中心基于国家及区域重点战略布局规划新要求、新任务，围绕重大工程、重点领域优化调整形成新的研究特色方向，旨在为口岸物流和航运经济发展战略提供理论基础和实践依据，发挥市级人文科学重点研究基地的科学研究中心作用、战略决策智库作用、社会服务机构作用。