口岸物流管理与航运经济研究中心的相关研究工作始于二十世纪 80 年代三峡工程可行论证工作。2002  年，重庆交通学院承担了《重庆市水运结构调整》、《重庆集装箱发展战略》（以水运为主）等一系列航运与口岸通关课题的研究工作，研究并编制了《重庆航运中心发展规划》。基于重庆航运中心发展与建设需要，对分散于校内不同部门的人员进行调整、整合，正式组建了“重庆航运发展研究中心”，2009 年更名为“口岸物流管理与航运经济研究中心”。2010  年，根据重庆市建设长江上游航运中心的发展需要，经与重庆市人民政府口岸办、重庆市交通委员会、重庆民生轮船（集团）股份有限公司协商，联合成立“口岸物流管理与航运经济研究心”，设于重庆交通大学。

2012年，中心着眼内涵建设，进行建制化管理，大幅扩建研究队伍，申报第三批重庆市人文社科重点研究基地，经市教委、市社科联组织专家现场评审考察，经重庆市人民政府同意，2013 年 1 月 8 日，中心正式获批为第三批重庆市人文社会科学重点研究基地，中心由重庆市教委和重庆交通大学每年预算拨款进行专项建设。

2022年7月，中心由申报时的 18 名研究人员发展壮大到现有专职研究人员 26人，其中教授 14 人，博士 23 人，有校内外兼职人员 10 人。中心拥有独立的工作场所和图书资料室，建有资源丰富的交通物流专业实验室，其中包括“集装箱多式联运实验室”、“口岸物流模拟实验室”、“物流中心与立体仓库仿真实验室”。

中心自成立以来，依托重庆市重点学科(被评为优秀)——管理科学与工程（一级学科博士点）及工商管理学科(一级硕士点)等学科，先后承担了《三峡工程明渠导流及通航研究与运行实践》、《提高三峡——葛洲坝两坝间河段通航能力研究》、《重庆市港口优化配置与整合方案研究》、《我市港口建设与区域经济协调发展的适应性研究》、《重庆航运中心发展规划》、《重庆市水运“十一五”发展规划》、《重庆市水运“十二五”发展规划》、《重庆国际贸易大通道评价与提升战略》、《重庆市大通关和大通道系统建设研究》、《重庆市“十一五”口岸发展规划》、《重庆市十二五口岸发展规划》、《重庆港口可持续发展研究》、《西部物流地区物流带动现代服务业的效应及动力机制》、企业委托项目《企业基于保税区的物流运作模式》《保税区的物流运作绩效评价》等，研究解决了诸如三峡工程建设期间地通航问题等一系列重大问题，向各级证政府和企业提供咨询报多项，推动了重庆航运中心建设、重庆航运交易所的建立及航运指数发布，编辑出版系列《重庆航运发展报告》，担任《交通版 21 世纪物流系列教材》编委会主任出版系列教材，已成功承办“中国科协年会：内陆国际贸易大通道专题论坛”和“中国科协年会：长江上游综合交通枢纽专题论坛”、以及“协同物流创新：一带一路与长江经济带发展的动力研讨会”，长期研究专题研究形成了创新研究团队，研究能力逐步提高，影响日益开阔大。已成为长江上游口岸物流与航运研究及人才培训培养的基地。